สำหรับอาหารเสริมเมลาโทนิน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปริมาณที่สูงกว่าที่ร่างกายผลิตตามปกติ ยังมีข้อมูลไม่เพียงพอเกี่ยวกับผลข้างเคียงที่เป็นไปได้เพื่อให้เห็นภาพที่ชัดเจนเกี่ยวกับความปลอดภัยโดยรวม การใช้อาหารเสริม
เมลาโทนิน ในระยะสั้นดูเหมือนจะปลอดภัยสำหรับคนส่วนใหญ่ แต่ยังขาดข้อมูลเกี่ยวกับความปลอดภัยในระยะยาวของการเสริมเมลาโทนินโปรดทราบด้วยว่า:ปฏิกิริยากับยาเช่นเดียวกับผลิตภัณฑ์เสริมอาหารอื่นๆ ผู้ที่กำลังรับประทานยาควรปรึกษาผู้ให้บริการด้านสุขภาพก่อนใช้เมลาโทนิน โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ผู้ที่เป็นโรคลมบ้าหมูและผู้ที่รับประทานยาละลายลิ่มเลือดจำเป็นต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เมื่อรับประทานอาหารเสริมเมลาโทนิน