รูปร่างที่โปรตีนพับตามธรรมชาติเรียกว่าโครงสร้างดั้งเดิม ของ มันแม้ว่าโปรตีนจำนวนมากสามารถพับได้โดยไม่ได้รับความช่วยเหลือ เพียงแค่ผ่านคุณสมบัติทางเคมีของกรดอะมิโน โปรตีนอื่นๆ ก็ต้องการความช่วยเหลือจากโมเลกุล ขนาด เล็กเพื่อพับเข้าสู่สถานะดั้งเดิมของพวกมันนักชีวเคมีมักอ้างถึงสี่ด้านที่แตกต่างกันของโครงสร้างของโปรตีนโครงสร้างหลัก ลำดับกรดอะมิโน โปรตีนคือ โพลิ เอไมด์โครงสร้างทุติยภูมิ โครงสร้างในท้องถิ่นที่ทำซ้ำอย่างสม่ำเสมอทำให้เสถียรด้วยพันธะไฮโดรเจน ตัวอย่างที่พบบ่อยที่สุดคือα -helix , β-sheetและ turns เนื่องจากโครงสร้างทุติยภูมิเป็นแบบเฉพาะที่ หลายบริเวณของโครงสร้างทุติยภูมิที่แตกต่างกันจึงสามารถมีอยู่ในโมเลกุล
โปรตีน เดียวกันได้โครงสร้างตติยภูมิ : รูปร่างโดยรวมของโมเลกุลโปรตีนเดี่ยว ความสัมพันธ์เชิงพื้นที่ของโครงสร้างทุติยภูมิต่อกัน โดยทั่วไปโครงสร้างระดับตติยภูมิจะเสถียรโดยอันตรกิริยาแบบไม่เฉพาะที่ โดยทั่วไปการก่อตัวของแกนกลางที่ไม่ชอบน้ำแต่ยังผ่านสะพานเกลือพันธะไฮโดรเจน พันธะไดซัลไฟด์และแม้กระทั่งการดัดแปลงหลังการแปล คำว่า "โครงสร้างระดับอุดมศึกษา" มักถูกใช้โดยมีความหมายเหมือนกันกับคำว่าพับ โครงสร้างตติยภูมิเป็นสิ่งที่ควบคุมการทำงานพื้นฐานของโปรตีนโครงสร้างควอเทอร์ นารี : โครงสร้างที่เกิดจากโมเลกุลโปรตีนหลายตัว (สายโพลีเปปไทด์) โดยปกติจะเรียกว่าหน่วยย่อยของโปรตีนในบริบทนี้ ซึ่งทำหน้าที่เป็นโปรตีนเชิงซ้อนเดี่ยวโครงสร้างควินนารี : ลายเซ็นของพื้นผิวโปรตีนที่จัดระเบียบภายในเซลล์ที่แออัด โครงสร้างควินนารีนั้นขึ้นอยู่กับปฏิสัมพันธ์ของโมเลกุลขนาดใหญ่ที่เกิดขึ้นภายในเซลล์ที่มีชีวิต